Role se obrací. Organizace XCOM přechází do útoku. Potýká se však s omezenými zdroji a ze svého nového mobilního velitelství musí podnikat partyzánské výpady proti mimozemským jednotkám. Hráče čeká kombinování hrubé palebné síly s tichým taktickým postupem, najímání nových vojáků pro XCOM a budování sítě odporu. Jen tak mohou dokázat odhalit zákeřné plány cizáků a zachránit lidstvo.

Svět se změnil. Uplynulo již 20 let od doby, kdy se světoví vůdci dobrovolně podrobili nadvládě mimozemských sil. XCOM tvořící poslední obrannou linii lidstva byl zanechán na pospas zkáze. Mimozemšťané, kteří nyní vládnou Zemi, se rychle pouštějí do výstavby oslnivých měst, které jsou příslibem lepší budoucnosti pro lidstvo. Nic není ale tak dokonalé, jak se na první pohled může zdát - uchvatitelé mají tajný, hrůzu nahánějící cíl. Ti, kdo se pokusí vzepřít, tvrdě zaplatí.

Pouze ti, kteří obývají okraje světa, se mohou radovat z příslibu svobody. Právě v těchto končinách se lidé snaží opět nabrat svou sílu a nashromáždit armádu, která se postaví za zájmy lidstva. Pozůstatky jednotek XCOM musí najít cestu, jak povstat z popela a znovu nabrat sil, pokusit se o odhalení děsivé pravdy skrývající se za okupací a eliminovat mimozemskou hrozbu jednou pro vždy.