Na rozdíl od ostatních her ze série Shinobido se tato hra skládá z různých dějových linií, které popisují různé události, jež ovlivňují postavy a celou Utakatu. Ačkoli je zde hlavní konflikt, který obíhá většinu hry, někdy se dostává do pozadí na množství misí. po událostech z předchozí hry nindžové Asuka úspěšně obnovili vesnici Asuka. Příběh začíná ve chvíli, kdy Goh obdrží dopis od Sadame, ve kterém píše, že Akame najala Kabuta, aby ukradl její dokumenty, a že ji překvapilo, že Kabuto stále žije. Goh se vydává do rezidence Akame, aby ji získal zpět. Když se ponoříme hlouběji do hry, Ičidžo si plánuje vzít dceru sousedního feduálního pána, princeznu Azami, ale pán souhlasí, jen pokud Goh zlikviduje nindžu Kenobiho, který děsí obyvatele města. Pán přijme Ičidžovu nabídku, až Goh splní zadaný úkol. V den svatby zaútočí na Ičidžóa tajemní bandité, ale ware je zastaví Goh, a tak Ičidžó pošle Goha, aby to vyšetřil. Goh brzy zjistí, že tři samurajští generálové Ičidžóa zradili, jednoho z generálů zajme a zjistí, že za svatební incident je zodpovědná Miroku, kněžka Sadame, a dokumenty, které získá od Akame, jsou Sadameho deníky, v nichž stojí, že víra Amuritha je jen její výtvor. Goh se vydá do kláštera k Miroku a porazí ji, pak Goh náhle zmizí. Ráno Zaji a Kinu hledají Goha v klášteře, ale nenajdou nic než mrtvá těla.