Marvel’s Avengers začínají v Den A, kdy Captain America, Iron Man, Hulk, Black Widow a Thor odhalují technicky vyspělé ústředí Avengerů v San Franciscu — včetně svého vlastního helicarrieru poháněného experimentálním zdrojem energie. Oslava se však strašlivě zvrtne, když katastrofická nehoda vyústí v obrovskou zkázu. Vina za tuto tragédii padá na Avengery, kteří se rozpadnou. O pět let později, když jsou všichni superhrdinové postaveni mimo zákon a svět je v nebezpečí, je jedinou nadějí znovu svolat nejsilnější hrdiny na Zemi.
Marvel’s Avengers přinesou pravidelné aktualizace obsahu a zavedou hráče na epickou výpravu, která bude trvat několik let. Tato hra představuje budoucnost značky Avengers.