Ganryu 2 je pokračováním hry Ganryu vytvořené společností VISCO na NEOGEO v roce 1999. Příběh se odehrává ve feudálním fantasy Japonsku, které je silně inspirováno příběhem Takeza Musashiho, jehož dobrodružství se rozvíjejí v sérii knih (zejména „ Kámen a meč“).
Hrajete jako Miyamoto Musashi, který cestuje fantastickým Japonskem 17. století, od severu k jihu až na ostrov Ganryu-Jima, kde vše začalo mezi Musashim a Kojirem.
Po vítězství nad Kojirem se Musashi rozhodl meditovat a věnovat se umění na severu Japonska, v provincii Hokkaido. Během jedné z jeho meditací ho kontaktoval duch: "Miyamoto Musashi, náš boj neskončil, čekám, až náš boj jednou provždy dokončíš! Celé Japonsko zaplatí za tvou urážku! Čekám na tebe, Miyamoto Musashi!"
Pro Musashiho není pochyb, že hlas patřil Kojirovi. Jeho tělo bylo poraženo, ale jeho duch zůstává a jeho úmysly jsou stále destruktivní. Miyamoto Musashi pak pochopil, že bude muset cestovat napříč Japonskem ze severu na jih a vydat se na ostrov Ganryû-Jima, kde nejprve porazil Sasakiho Kojira, aby znovu bojoval a navždy osvobodil jeho ducha.