Příběh se odehrává kdesi v hlubinách vesmíru, v blíže nespecifikovaném solárním systému. Hlavní postavou je tajný agent disponující mnohými schopnostmi, na nichž ostatně Dark Sector chce stavět. Ústřední náplní překvapivě nebudou ani tak boje, pravda dojde i na ně, ale spíše nabourávání různých počítačových systémů. Díky hrdinovým nadpřirozeným schopnostem a implantátům, jež mu byly vpraveny do těla, bude hráči dána možnost manipulovat s časem i prostorem, což bude v boji s nepřítelem nesporná výhoda.