V Cubic Ninja hrajete za malého statečného ninju zvaného CC. Princezna vašeho milovaného království plus několik dalších přátel ninja byli uneseni. Záleží jen na vás abyste všechny zachránil! Musíte se prokousat více než 100 úrovněmi - bludištěmi a porážet protivníky jako Woofbota, Scorchbota a další! Vaši nepřátelé budou navíc využívat elementárních síl větru nebo vody, aby vás zastavili.

V jednotlivých levelech budete nalézat svitky, které vám umožní přístup ke čtyřem schopnostem, které vám pomohou v řešení úrovní. Zmenšení umožní se lépe vyhnout pastem, Switch push umožňuje mačkat tlačítka ze vzdálenosti. Ninja hvězdice je útočnou zbraní a štít dělá to co dělá každý štít. Pokud máte problém překonat nějakou úroveň, můžete si navíc říci hře o pomoc a ona vám defaultně poskytne nějaké schopnosti do začátku. Kromě příběhové části hra nabídne Time Attack, Survival a Level Creator.

Cubic Ninja pro Nintendo 3DS je hra, která vám umožní hrát, aniž byste se dotkli tlačítka. Stačí naklonit Nintendo 3DS a vydat se na řešení náročných hádanek.