Alliance: Future Combat je realtime strategie s taktickými prvky, která hráči nabízí možnost převzít roli velitele elitní US jednotky AEGIS, nebo se postavit do čela armády extrémistů ve více než 20 obsahově odlišných misích. Hra je zasazena do roku 2008, kdy se oblast mezi Iránem, Afghánistánem, Indií a Čínou proměnila v Demokratickou Republiku Severní Djombystan. Vláda nového státu potřebuje kvůli zajištění jeho chodu každý peníz a dovolí proto americké vládě, aby na území Djombystanu vybudovala super tajnou podzemní vojenskou základnu. Nikdo, ani vládá Djombystanu, však netuší, že ona vojenská základna je vlastně výzkumné centrum, kde probíhají pokusy a výzkumy týkající se genetického inženýrství a jeho využití v boji.