Hra TMNT využívá stejná temná a nebezpečná prostředí jako byla ve filmu od Imagi Animation Studios. Děj hry se odehrává v New York City, který je zaplaven zločinci a podivnými kreaturami. Při boji proti tomuto nebezpečí zažívají želvy svoje nejtěžší chvilky jako hrdinové i jako rodina. Raphael, Donatello a Michelangelo totiž ztrácejí svoje soustředění a mají problémy vyjít s ostatními a udržet si disciplínu ninji. Ve hře je na Leonardovi a věrném mistru Třískovi, aby dal partu znovu dohromady a zachránil New York od zla, které číhá na každém rohu. Hráči při tom využijí skvělou akrobatickou akci, kooperativní způsob boje a silné bojové chvaty.