Super Meat Boy Forever se odehrává několik let po událostech Super Meat Boy. Meat Boy a Bandage Girl žili několik let šťastným životem bez Dr. Fetuse a nyní mají nádherné miminko jménem Nugget. Nugget je ztělesněním radosti a pro Meat Boy a Bandage Girl.

Jednoho dne, když byli naši hrdinové na pikniku, se k nim přikradl Dr. Fetus, zmlátil Meat Boye a Bandage Girl do bezvědomí lopatou a unesl Nuggeta! Když naši hrdinové přišli a zjistili, že Nugget chybí, věděli, za kým jít. Nalomili si klouby a rozhodli se, že nikdy nepřestanou, dokud nedostanou Nuggeta zpět a neudělí Dr. Fetusovi velmi důležitou lekci. Lekce, kterou lze naučit pouze údery a kopy.