Půl století poté, co odpor Red Faction a jejich spojenců osvobodil Marauder Mars z brutálního Earth Defense Force, je harmonie na Marsu opět ohrožena, ale tentokrát je smrtící síla zahalena tajemstvím.

Když je zničen masivní Terraformer, která dodává Marsu, jako tomu bylo na Zemi vzduch, atmosféra se změní na chaos, super-tornáda a blesky, které pohlcují planetu. Chcete-li přežít, kolonisté musí uprchnout do podzemních dolů a vybudovat síť obytných jeskyní.

O pět let později, Darius Mason, vnuk hrdinů revoluce z Marsu Alece Masona a Samanye, provozuje lukrativní obchod od Bastiona, na křižovatce v metru. Těžba, uklízení, práce žoldáka v některých případech je práce nebezpečná, Darius je váš muž. Několik rozumných lidí, jejíž podnik byl zničen na povrchu, se stanou odběrateli od dodavatelů jako je Darius a pašeráky, kteří provozují obchody mezi osadami.

Když je Darius napálen znovuotevřením tajemné šachty ve starém chrámu Marauder, uvolní se dlouho-spící zlo a spustí Armageddon na Marsu. Jako kolonista zjistíte, že Marauderské osady jsou roztrhané na kusy. Je možné, že pouze Darius a Red Faction může zachránit lidstvo. Bitva bude vedena přes bouře-zmítající se planetu, a pod ní, do jejího samého srdce.