Dvanáct esperů s nadlidskými schopnostmi shromážděných na plovoucí lodi tajemnou nadnárodní entitou známou pouze jako The World. Jejich společný příběh možná skončil, ale jejich vlastní teprve začíná.
Minulost, přítomnost a budoucnost, tři různé režimy příběhu Norn9: Last Era se sbližují, včetně zkoumání minulosti postav před jejich společným životem na lodi. Hra také převypravuje událostí Norn9: Var Commons z nových perspektiv a příběhů odehrávajících se po události první hry.