Daxter je zcela novým pohledem na svět Jak and Daxter, protože konečně umožnil hráčům hrát za moudrého pomocníka.
Daxter si klade za cíl posunout svět Jak & Daxter novým směrem, který hráčům umožní nahlédnout na něj z úplně jiné perspektivy.
Hra se odehrává během dvou let, které Daxter stráví snahou najít a osvobodit Jaka, který byl uvězněn během událostí, jež vedly k začátku Jak II.
Daxter je nyní odkázán sám na sebe, na neznámém místě, a rychle si uvědomí, že být malý a chlupatý mu na šanci na přežití moc nepřidá.
Daxter přijme práci deratizátora, aby pomohl zlikvidovat záhadné zamoření hmyzem, a prozkoumává části Haven City a sbírá stopy, aby našel Jaka