Verze Game Boy sleduje stejný děj jako verze NES a mění současné nastavení verze NES na futuristické. Hráč převezme roli Rad Spencera (Ladd v původní verzi NES), agenta FF Corps (FF Battalion ve verzi NES), jehož úkolem je zachránit svého spojence Super Joe z armády Doraize a zabránit jejich vůdci. , ředitel Wiseman (pojmenovaný po postavě Weizmanna z japonské hry Famicom, která byla v lokalizaci NES přejmenována na Killt), z tajného projektu armády Doraize s kódovým označením Albatros.

 

Tato verze také posouvá vojenskou tematiku přítomnou v originále na více sci-fi území. Uniformy a helmy nepřátel jsou vyměněny za futuristické brnění a „ostnaté“ vlasy. Tato verze také přidává modernější úvodní a závěrečné sekvence připomínající kino. Tyto sekvence a kresby postav v dialozích ve hře, díky nimž je verze Game Boy více zaměřena na příběh.