Joker znovu na scéně, roztomilé prostředí Gotham City také. To vše v temném hávu jako první díl.
Příběh titulu Batman Arkham City se odehrává asi rok po událostech prvního dílu. Bývalý dozorce z Arkhamského blázince Quincy Sharp získal uznání za zastavení Jokera a chytře použil svou proslulost, aby se stal starostou Gotham City. Jako první muž Gothamu rozjel svůj tajný plán, na který jste v jeho kanceláři mohli narazit už v jedničce. Ani Arkham, ani Blackgate věznice nedokáží udržet ty nejnebezpečnější vězně. Proto Sharp koupí velkou část chudinských čtvrtí v Gothamu, obežene je zdí, na ně posadí bataliony cvičených vojáků a stvoří tam doslova peklo na zemi - Arkham City. Téměř okamžitě tam jsou posíláni nebezpeční zločinci a je jim slíbena relativní volnost, pokud se nebudou pokoušet uniknout. Pověřen dohledem nad tímto místem zla je psychiatr Hugo Strange, který je však sám případ pro psychiatra a má zřejmě s Arkham City své plány.