Naruto Shippuden: Ultimate Ninja Storm 3 obsahuje naprosto největší rozšíření charakterů, díky kterému si mohou fanoušci zahrát za svou oblíbenou postavu ze seriálu, ať už kladnou nebo zápornou. V příběhovém módu jsou hráči vhozeni do série dramatických událostí ve vesnici Konoha. V nabitých soubojích vás čekají souboje s bossy nevídaných rozměrů a to dokonce včetně obávaného giganta Nine-Tailse.